Имелись сельский МСС построенные в незапамятные времена и соответственно на которые не было никаких разрешений... впоследствии эти МССки были модерненизрованы (положены в грунт с использованием различных систем уплотнения)
Надо ли в этом случае получать разрешения на эксплуатацию в этом случае?

А собственно почему нет? На них в любом случае должны быть оформлены РЭ.

Разрешение должно быть в любом случае.
Возможно даже имело место быть свидетельство о регистрации тех. средств, а МСС проще сдать в составе станции, если производится ее замена или реконструкция по приложению 1 приказа № 113