Ситуация: Был заключен договор строительного подряда. Субподрядчику авансом проплатили работы в полном объеме. Субподрядчик прислал акты приема работ точно на те суммы которые были указаны в договоре. Однако, мы сделали контрольный обмер выяснилось, что работы выполнены не в полном объеме, а их стоимость значительно ниже той, которую субподрядчик указал в форме КС-2, 3. В настоящее время акты приема работ не подписаны субподрядчиком. На приглашение создать совместную комиссию и составить новые акты выполненных работ молчат т.е. отказываются. Подскажите на основании какого нормативного акта мы можем требовать возврата денег, уплаченных свыше стоимости по факту выполненных работ субподрядчиком.

Зависит от договора. Если цена работ установлена твердой, то никаких денег вы не получите, кроме случаев, когда экономия подрядчика повлияла на качество работ.
В общем, см. ст. 710 ГК.

Но они же выполнили работы не в полном объеме?

А что имеется в виду под "акты приема работ не подписаны субподрядчиком"? КС-2? или конструктивы? или КС-11? Вообще, они должны молча все доделать, если не в полном объеме выполнены работы.
Как вариант составить протокол объемов работ. Члены комиссии - ответственный или генерал с их стороны и с вашей. Судя по тому, что подпишется уже можно говорить о конкретной сумме, заключать ДС или Дополнение и возращать денюжку...

Они нам прислали КС-2 и КС-3 на сумму договора. Но мы провели контрольный обмер и выяснилось что работы сделаны не в полном объеме, а также подсчитали сумму на которую выполнены работы. Направили им письмо с предложением создать совместную комиссию и приложили акты конрольного обмера. Они молчат.

fraer писал(а):Направили им письмо с предложением создать совместную комиссию

На контрольный обмер представителей субподрядчика пригласить заказным с уведомлением.
О результатах (одностороний акт)- так же. И готовить документы в арбитраж.
Плохо, что

fraer писал(а): Субподрядчику авансом проплатили работы в полном объеме

рычагов влияния у вас нет.

fraer писал(а):Но мы провели контрольный обмер и выяснилось что работы сделаны не в полном объеме

Еще раз повторюсь, что в этом деле все зависит от договора. Если выполнение работ преследовало определенную цель (например - "телефонизация объекта"), то никакие КС2/КС3 не являются основанием для взыскания экономии подрядчика.
Если же исполнитель обязывался проложить 100 м. кабеля, а проложил 80, что повлекло невозможность его использования по назначению - тогда подрядчика можно надрать по суду. Но только в этом случае.