Вообще, структуры министерства связи - они очень должны бы использовать современные технологии, электрическую там Россию и прочая, и прочая. Мне вот кажется очень логичным следующее.
Лицензиат может заключить договор с федеральным агентством связи о признании электронной подписи. Бумажный договор с подписанными копиями открытых ключей. Вариант - договор присоединения к публичной оферте для операторов. После его заключения общение с агентством может происходить в электронном виде полностью. Красиво бы получилось, но...
Идеалист я, идеалист...